En efecto, el nacimiento de la autonomía de la Universidad hay que situarlo en el propio nacimiento de la Universidad en los siglos XII y XIII. En esa época la Universidad goza de una situación de autonomía que supone la posibilidad de autogobierno.
Para citar sólo un ejemplo, nos referiremos a las universidades inglesas de Oxford y Cambridge, caso en el que una da origen a la otra a partir de un conflicto entre las autoridades locales y la autonomía de la primera.
Además los delitos cometidos por universitarios eran juzgados por sus pares, y el rector podía castigarlo penalmente.
El rector ya aparece en la Universidad de Bolonia como cabeza de cada una de las naciones. Esta figura pasó a España, en Salamanca hubo dos rectores: uno por León, otro por Castilla, hasta 1385 cuando queda sólo úno como único juez de los estudiantes. (Esto ya estaba contemplado en Las Partidas de Alfonso X, II art.31, ley 6ª por la que autorizaba a estudiantes y profesores a asociarse en "hermandad entre sí y escoger a uno que los castigue -en la doble acepción: punir y aconsejar-").
Y dado que eran frecuentes los conflictos entre burgueses locales y los universitarios visitantes, la figura de un mayoral o rector era relevante. Mas éste no podía ser oriundo de la ciudad donde estaba radicada la universidad, recreando aquello que en el Derecho Romano especificaba para los jueces, a fin de garantizar su imparcialidad. Además, no podía ser clérigo, su cargo duraba un año, juraba y exigía a los demás juramentos de obedecerle "in licitis et honestis".
Además, otro importante órgano del gobierno universitario lo constituían los Conciliarios, figura análoga a los consejeros del monarca, que daban opiniones no vinculantes, aunque generalmente decisorias. Y también para ellos era condición no ser nacional u oriundo de la ciudad en la que estaba la universidad.
Interesa destacar que el gobierno docente-estudiantil, en opinión del canonista Juan Alfonso de Benavente, permitió conocer a Salamanca del S. XVI una época gloriosa. Y en tal sentido el Prof. A. Truyol y Serra (en el prólogo a la obra de Höffner: La ética de la Conquista Española) opina que en las relecciones de Vitoria y su escuela se encuentra una mayor aportación crítica a la situación política de su época, que la que presentan universidades contemporáneas. Si Francisco de Vitoria intentó y, en cierto modo, logró poner "límites a la razón imperial", en las universidades inglesas por el contrario, reivindicaban la libre interpretación de la Biblia, mientras tácitamente legitimaban el genocidio cometido en las colonias de América del Norte.
Ocurrió que aquellas universidades del trivium y el cuadrivium, centradas en la enseñanza de teología y derecho, sufrieron con el advenimiento de la modernidad el doble impacto de la reforma protestante, y del método experimental. Las disputas dogmáticas entre católicos y protestantes les impide aceptar el aporte del método experimental, siendo en esto muy poco fieles a Aristóteles. Aparecen entonces Escuelas Profesionales, Colegios Mayores y Sociedades Científica o Académicas.
Se perfilan entonces diferentes modelos universitarios: el inglés del College; el alemán, inspirado en Fichte o von Humboldt que requería la autonomía universitaria para la creación de ciencia y experimentación; y el francés, napoleónico, que tendía a crear profesionales para el Estado, imponiendo cierta centralización y uniformidad incompatible con la autonomía.
Es este último modelo el que parece haber influido más en España a partir de un Carlos III que tiende a organizar, reducir y homogenizar las universidades, o de Fernando VII que por las Cortes de Cádiz llega a proponer planes de estudios casuísticos.
Desde entonces la Universidad estará muy próxima a los modelos políticos de España. Aunque, desde aquel "venció pero no convenció" que dijo Unamuno al régimen franquista, se puede palpar en la Universidad, particularmente la del '60 ó '70 una cada vez mayor oposición al régimen y contribución a la causa democrática.
Quizá por lo que alcanzó a hacer (o sobre todo por lo que no alcanzó a hacer) la universidad por la democracia, es por lo que el Constituyente primero y el Tribunal Constitucional después premiaron (o quisieron inmunizar) a esta institución devolviéndole su autonomía, con un régimen especial de protección jurídica a tal derecho.